康熙在台湾问题上，坚持和平统一原则，最终完成了祖国的统一，这是一个伟大的建树。
康熙对盘踞在台湾的郑成功的儿子郑经等一直抱着“循于招抚，不事轻剿”的态度。为此，他曾多次遣使赴台，同郑经谈判议和，希望通过和平途径统一台湾。没想到，郑经却抛出“台湾远在海外，非中国版图”的分裂谬论。郑经向清政府提出了三个荒唐的谈判条件：一、要求台湾像朝鲜、琉球一样，同中国保持藩属关系；二、要求允许台湾官民保留穿戴明朝衣冠，不削发；三、要求承认郑氏以后世守台湾，不登岸。康熙虽然没有同意郑经的无理要求，但为了使台湾早日回归祖国，因而在不损害国家统一的大原则基础上，做了一些让步，如表示允许不削发、不登岸，但坚决反对以藩属相称，明确指出：“郑经乃中国之人”，台湾“皆闽人，不得与琉球、高丽比”。这就粉碎了郑经等人妄图分裂祖国、割据自立的阴谋。这里，充分显示了康熙坚持国家统一的坚定立场和政治远见。
康熙二十年（1681年），郑经在台湾病故，郑氏集团发生了一场争权夺位的内讧。不久，清军平定南方的“三藩”叛乱。康熙认为，统一台湾的机会到了，于是毅然起用早年来降的原郑成功手下部将施琅，任命他为福建水师提督，积极进行军事准备。康熙二十二年六月，施琅率2万水师进攻澎湖，获取大胜。
郑克在内外压力下，派人表示愿意纳款投降。康熙审时度势，毅然决定颁敕招抚。他说：“若不允其投诚，则彼或窜处外国，又生事端，不若允之为善。”康熙在敕谕中说：“朕体上天好生之心，普海内外，俾各安全。”“将尔等从前抗违之罪，尽行赦免，仍从优叙录，加恩安插，务令得所。”台湾郑氏集团终于将印册上缴施琅，奉表归降。收复的捷报传到朝廷，恰是八月十五，康熙喜览奏章，欣然命笔，写下了《中秋日闻海上捷音》一诗，感叹“海隅久念苍生困，耕凿从今九壤同”。
台湾统一后如何进行管理？朝中有人认为，台湾孤悬海外，鞭长莫及，派兵戍守又糜费钱粮，不如“迁其人，弃其地。”连当初极力主战的大学士李光地也主张放弃台湾，甚至提出把台湾让给荷兰。以施琅为代表的一些大臣则坚决反对弃守，他说：“台湾虽然是一座海岛，却关系着闽、广、江、浙四省的要害，战略地位极其重要。”他还说，“如果放弃台湾，将必酿成大害，只有守住台湾，才可永固边囿。”康熙认为施琅等人言之有理，决定采纳他们的意见。康熙指出，台湾对海防关系重大，弃台的主张，是不筹天下之形势，以求国家万全之道。他下诏：“台湾弃取，所关甚大。”“弃而不守，尤为不可。”根据康熙的谕令，清政府在台湾设置1府3县，隶属福建省。从此，台湾的行政建置与内地完全划一。康熙在台湾问题的处理上，有力地维护了领土完整和国家统一，眼光是远大的。
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